在10月28日召开的HPC China会议上，2016年中国HPC TOP100榜单正式发布。

由国家并行计算机工程技术中心研制、部署于国家超级计算无锡中心的神威太湖之光超级计算机2016年正式进入榜单并占据榜首，它不仅是中国最高性能的超级计算机系统，同时也是全球最快的系统。神威太湖之光由40个机柜，总共160个超级节点组成，每个超级节点含256个计算节点，每个计算节点配备一颗1.45GHz、260核的申威26010处理器，全系统总峰值性能125.4359PFLOPS，Linpack实测性能值为93.0146PFLOPS，是当前排名第二的天河二号系统Linpack测试值的2.75倍。

2016年，所有中国HPC TOP100入榜系统的Linpack测试值均超过500 TFLOPS，其中Linpack测试值超过1 PFLOPS的系统达到5台，新增2台。

 和2015年相比，2016年中国HPC TOP100榜单的前10名发生了较大变化，除国防科大研制的三套天河系列超级计算机外，其余7套均为新增系统。且除了神威太湖之光主要用于科学工程计算外，其余6套新增系统均用于新兴的大数据分析及机器学习领域，且大多部署于互联网公司。

2016年，作为入榜门槛的第100名系统是联想公司研制、部署于网络公司的计算集群系统，其Linpack测试性能为529.0 TFLOPS。和2015年第100名的360.3 TFLOPS相比，性能提升了1.47倍。
2016年所有100台入榜系统的Linpack平均性能为1979.2 TFLOPS，这是2014年平均性能850.9 TFLOPS的2.32倍。